三峡沿岸拔地而起的新楼房和水位线，是库区最具特色的新景观。
库区清漂工人在长江主航道上打捞漂浮物。库区蓄水后，由于水流变缓，每到汛期，漂流垃圾增多，影响航运及旅游，破坏自然生态。
上月廿日大坝全线封顶，工程人员在坝顶欢欣庆祝，唯独中国工程院院士、长江水利委员会总工程师郑守仁忧心忡忡。他说：“现在，我最担心的是库区污水处理问题”。
污水、淤泥、地震、泥石流，是三峡大坝兴建以来，最常被议论的生态环境问题。俗话说，“流水不腐”，长江急流被大坝拦腰截断，高峡成平湖，水流速度降低后，泥沙和污染物不能及时下泄，蓄积在水库中，造成水质恶化和垃圾漂浮。三峡工程总公司雇用不少船夫处理水上漂染物和垃圾，但泥沙沉积和未经处理的污水排入长江仍是未解的难题。
城市排污 恐龙张大嘴
三峡工程动工之前，北京中央即考虑污水问题，拨专款在库区兴建污水处理厂；目前重庆主城区投资三十亿元人民币的两座污水处理厂已建成，主城区以外的库区污水处理也投资二十一亿元，县级城市和大镇共建有十八座污水处理厂。建这些污水处理厂，但库区污水目前处理程度仅达到百分之六十。重庆大学资源环境学院教授王里奥分析，主要问题是地方资金不够，二、三级管线迟迟无法铺设，城区污水不能完全收集到污水处理厂处理。
万州即是一例。万州已建成使用的明镜滩污水处理，只有一半系统在运转。因为三级管线铺设由地方自筹资金，地方资金严重不足，连带万州其他两座污水处理厂无法建成。在巫山，可以看到尚未竣工的污水厂附近，巨大的城市排污孔如同张大嘴的恐龙，未经处理的生活污水从那里直接排入长江，江岸形成一条灰黄色的污染带。
坡地松滑 骨质疏松症
排污口、秃头山和泥石流，是库区最常见的景象。黄土坡上点缀几丛小树，旁边一条细细泥石流。库区因移民安置过度开发，连地质不稳的地带都用来盖房子；为防土质松动，新的建筑群下方被各种护坡工程覆盖，看上去像罹患骨质疏松、易于骨折的患者，不得不戴上夹板保护。
“夹板”工程保护山壁，是可预料之策，大坝蓄水后，沿岸山壁出现三十公尺寸草不生的“消落带”，则是意外之事。
三峡正常蓄水水位是一百七十五公尺，低水位为一百四十五公尺，当水位下降时，陡峭的峡谷河段会露出浅色、岩石裸露、寸草不生的崖壁；在坡度平缓的江岸，水退后则形成大片的人工湿地，垃圾、污水、淤泥等极易滞留，带来严重的环境问题。
泥沙淤积 向上游延伸
重庆大学可持续发展研究院教授雷享顺分析“消落带”指出，两岸坡度很少，土质为泥土的库段，夏季水位下降后，河道内沉淀的各种污染物将留在消落带上，污染伴着垃圾、杂草，不仅造成景观破坏，且在高温下会产生异臭，孳生病菌、寄生虫和蚊蝇，导致发生流行病。
据调查，库区较大的“消落带”出现在开县、巫山县大昌镇、云阳高阳镇及万州苎溪河等地。
泥沙淤积，是论证三峡工程应否兴建的争议核心。反对方以水利专家黄万里为代表，认为长江上游河流携带泥沙有颗粒较大的鹅卵石，大坝建成后将极难排出，除造成堵塞，并向上游延伸，从而造成重庆港淤塞。三峡工程论证过程进行泥沙型试验，已得出二十年后重庆港将淤积的结论。目前，重庆正投资十五亿元新建寸滩港，预计二○一○年建成。
除了淤积，专家还预言重庆可能会被“淹掉”！大坝蓄水一百三十五公尺后，有研究发现，大坝库前到库尾水位落差高达三十四公尺，未来蓄水到一百七十五公尺后，重庆会不会成为水下城市，官方说法当然是否认，实际情况呢？
大坝阻隔 鱼类遗传变
根据葛洲坝水电站的经验，三峡大坝将对周边生态造成严重冲击；例如，大坝阻隔，鱼类无法正常通过，生活习性和遗传等会发生变异。三峡蓄水，还将淹没库区里五百多种珍稀植物。
“三峡旅游大使”、巫山县教师周亚玲热爱三峡和家乡，架设“三峡民俗旅游网”，向外界推介三峡地区的人文风貌。对于建大坝，她在部落格里写道：“这片土地要修移民房，树林被砍光，我看见的是毁灭”。这个“毁灭”，对不住在库区的人来说，自然无关痛养。
江岸滑坡2490处 像“破碎的脸”
沿长江上行，两岸景色像张“破碎的脸”，历史上有名的地质灾害区如秭归新滩滑坡、秭归树坪滑坡、巴东黄腊石滑坡、云阳鸡扒子滑坡等，令人怵目惊心。其中，黄腊石滑坡及树坪滑坡在大坝一百三十五公尺蓄水后开始活动，目前库区已查出两岸崩塌、滑坡体达二千四百九十多处。
千将坪惨剧 活埋30多住户
二○○三年七月，秭归县沙镇溪千将坪发生大滑坡，一些住户走避不及，当场被活埋，造成至少三十多人死亡惨剧。千将坪地质结构向来稳定，出现滑坡，专家始料未及。“千将坪滑坡的重要启示是，库区里地质面貌在改变，一些重点监测的灾害区，可能发生危害很大的地质灾害”，大陆地质专家范晓就三峡地质情况，发出警告。
范晓是四川地质探测队队长，热心环境生态保护。今年初他走访三峡库区，对当地地质变化和诸多生态问题相当忧心。
范晓向记者表示，库区本来就是滑坡、崩塌为主的地质灾害高发区，大坝建成后，水位高造成浸泡、水位剧烈变动频繁改变地质，加上移民城镇迁建的大量工程，使原本就危机四伏的地质环境更加不堪重负，险象环生。
巴东县城几次迁城，是经典案例。县城第一次迁建，老县城直接向上后靠，在黄土坡建立新城。黄土坡原是由多个“古滑坡”组成的大型滑坡，新城建设，加剧黄土坡滑坡局部变形，造成屋毁人亡不幸事件。后来，县政府又把黄土坡上游的白土坡作为主要迁建地，但白土坡同样有滑坡，且场地狭小，不能符合要求。现在，只好沿河岸再往上游，选址在西壤坡。
范晓说，巴东县在黄土坡第一次迁建的政府大楼已废弃，政府机关已迁至西壤坡，但大部分居民仍住在黄土坡，因为这里生意比较好做。现在每一户人家都安装报警喇叭，一旦发生地质灾害险情，就会发出警报，居民可迅速转移到白土坡避难。
两条断层 发生过六级地震
“库区蓄水后的地震活动情况，是当地业界最注意的问题”，范晓认为地震问题不容忽视。他说，库区里有两条断层，一条是九湾溪断层，呈北东走向，穿过西陵峡中的牛肝马肺峡，距大坝仅十七公里；一旦诱发较强地震，对大坝影响较大。
“另一条断层是高桥断层，可就活跃多了”，范晓认为这条断层需格外注意。高桥断层位于巴东附近，呈北东走向，穿过长江，历史上这条断层曾发生过五到六级地震。“高桥断层是一百三十五公尺蓄水以来，水库诱发地震最集中的地方，最高震级是三点四级”。在三峡工程论证过程，许多研究单位和学者对水库诱发地震的最大震级作过预测，九湾溪断层和高桥断层通过的库段，预测最高震级可达六级。
水库蓄水，会不会诱发震级更大的地震？范晓说，大陆专家的主流认识是，水库诱发地震可以高出背景地震一到二级。不过，也有不同意见，认为水库诱发地震不会超过背景地震的范围。目前蓄水诱发地震的问题还未全面爆发，当蓄水位逐渐上升时，有如诱发地震的砝码逐级增加；现在才蓄水到一百三十五公尺，更严苛的考验还在后面。
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