咖啡因由于有刺激中枢神经和肌肉的作用，所以可以振作精神、增强思考能力，恢复肌肉的疲劳。作用在心血管系统，可提高心脏功能，使血管舒张，促进血液循环。对于肠胃系统，它可以帮助消化，帮助脂肪的分解。
有助于减肥
相信很多人都听说喝黑咖啡可以减肥，其实，这只是其中的因素之一，咖啡因的确可以加速脂肪的分解，但是同时更要靠肌肉的运动，才能将多余的脂肪酸转变成热能消耗掉，如果没有经过与之配合的运动，多余的脂肪酸又顺着血流重新流回，重新堆积起脂肪。所以喝咖啡以后需要同时积极动起来，才能发挥真正的减肥功效！咖啡本身就有热量，但不多，主要的热量是在于你在喝咖啡时所加入奶精和糖。
抗氧化能力
近年，只要是具有抗氧化功能的食物都在市场大行其道，一般所熟知的蔬菜水果含丰富A、C、B族维生素的食物，以及在日本相当流行的茶，之所以被视是健康的食物，就是为它们含有丰富的抗氧化物质，可以对抗自由基对人体的伤害。日前有研究报告指出，咖啡所含的抗氧化物质比茶多4倍，更能对抗心血管疾病，且咖啡本身也符合抗氧化物的原则，色（深）又具有苦味。每一咖啡所含的抗氧化物质也因着冲泡的方式有所不同，如美式咖啡含抗氧化物质量最少，而Espresso所含的抗氧化最多。咖啡在加了奶精之后，也不会影其抗氧化的作用。
改善眼睛干涩
国外的报告指出：喝咖啡者罹患干眼症的几率，明显比不喝咖啡者低。这主要是和咖啡中的嘌呤成分有关（含嘌呤的滴眼剂，能刺激腺体分泌液体，对眼睛具有某种保作用）。对于爱喝咖啡的电脑族来说，这当然是一个好消息，但要注意的是，咖啡本身具有利尿的作用，即使其中的一些成分具有保护作用，但对于已经罹患干眼症的人，以及有服用任何含有利尿成分药剂的人，必须禁止服用含咖啡因的饮料，以免加剧体内水分的流失。
可以解痛
一夜没有睡好所带来的头痛、或是太阳穴侧因血管收缩引起的疼痛，这些非器质性因素所引起的疼痛，都可以用咖啡来缓解，但必是在早上或是中午喝（注意：午后到夜晚禁用）。
咖啡的量
咖啡对人体然有好处但也不能多喝，每天以不超过2杯为宜，对于容易紧张焦虑的人，喝多了可能就是有害。
喝咖啡的时间
喝咖啡最好在用早餐及午餐后，因为这样可以促进肠胃的蠕动，帮助消化，可以分解吃下去的高热量、高脂食物，也不会像空腹喝咖啡那样，对肠胃造成刺激。最好不要在晚餐后喝咖啡，怕会对睡眠造成影响。
若是想靠喝咖啡熬通宵，可能会在不知不中喝过量，对身体不好。
紧张时添乱
咖啡因有助于提高警觉性、灵敏性、记忆力及集中力。但饮用超过比你平常所习惯饮用量的咖啡，就会产生类似食用相同剂量的兴奋剂，会造成神经过敏。对于倾向焦虑失调的人而言，咖啡因会导致手心冒汗、心悸、耳鸣这些症状更加恶化。
加剧高血压
咖啡因因为本身具有的止痛作用，常与其他简单的止痛剂合成复方，但是，长期大量服用，如果你本身已有高血压时，使用大量咖啡因只会使你的情况更为严重。因为光是咖啡因就能使血压上升，若再加上情绪紧张，就会产生危险性的相乘效果，因此，高血压的危险人群尤其应避免在工作压力大的时候喝含咖啡因的饮料。有些常年有喝咖啡习惯的人，以为他们对咖啡因的效果已经免疫，然而事实并非如此，一项研究显示，喝一杯咖啡后，血压升高的时间可长达12小时。
诱发骨质疏松
咖啡因本身具有很好的利尿效果，如果长期且大量喝咖啡，容易造成骨质流失，对骨量的保存会有不利的影响，对于妇女来说，可能会增加骨质疏松的威胁。但前提是，平时食物中本来就缺乏摄取足够的钙，或是不经常动的人，加上更年期后的女性，因缺少雌激素造成的钙质流失，以上这些情况再加上大量的咖啡因，才可能对骨造成威胁。如果能够按照合理的量来享受，你还是可以做到不因噎废食的。
这些人慎喝咖啡
肝病患者
咖啡因会延长咖啡因在体内谢的时间。一般正常的成年人咖啡因的代谢需要2小时，可是肝病患者或是肝功能不全者，咖啡因的代谢可能需4-5小时，因此肝病患者在喝咖啡时就要一定要当心，最好不要在傍晚以后喝，以免因代谢时间长而影响睡眠，而且一天最好不超1杯。
消化系统疾病患者
相信经常在胃痛胃病的人都有个经验，就是医生一定会嘱咐，刺激性食物不要吃，包括：酒、辣椒、咖啡、茶、碳酸饮料。
咖啡之所以名列其中，就是因其中的单宁酸会刺激胃酸分泌，如果是消化疾病急性期的患者一定要避免。恢复健康之后，如果偶尔饮用咖啡，也最好是在饭后用，避免空腹喝咖啡。
孕妇
很多女性从怀孕后就开始，对所有吃进去的食物会特别留意，含有咖啡因的饮料当然也被列为禁忌之一。这主要是因孕妇对于咖啡因的代谢慢，咖啡因停留在体内的时间会延长，腹中的胎儿也要到八九个月的时候，才能通过新陈代谢，清除血液中的咖啡因。
小孩
因孩童肝、肾的发育不完全，解毒能力差，使得咖啡因代谢的半衰期会延长，所以一般说来，12岁以下儿童是需要禁止摄取咖啡因的。就算成天把咖啡当开水喝的欧美人士，对于小孩子喝咖啡也是有很严格的限制。
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