馬英九直言將延續對中共內部民主化的批判：「我不會當上國民黨主席後就封口了！那反而不是友善的態度。」他強調，「民主如果不生根，對兩岸關係是不利的，朋友就是友直友諒友多聞！」對於接任黨主席後，會否運用國共溝通平臺要求中共改革？馬英九表示，當年他在法務部長任內，就已經幫民運人士魏京生連署角逐諾貝爾獎，而當時大家都在幫前總統李登輝連署，「這方面我從來沒有猶豫過！」
對於未來國民黨的兩岸論述、路線，馬英九表示都將以中華民國憲法為本。他說，憲法增修條文第十一條，很明顯定好框架，「既非一邊一國，也不是兩個國家」，而是「一國兩區」：大陸地區、臺灣地區，大陸到目前為止可以接受此一概念。
馬英九表示，兩岸不能採取非和平方式、單邊主義（Unilateralism），應以雙邊、和平的方式協商解決，而他的此一立場，正是為「反共不反中，又主張兩岸和平、反對台獨的人找到出路」，「綠軍也不能罵我，藍軍也可以支持我」，這就是臺灣的「新中間主義」，是臺灣內部很多人，包括綠軍的人都可以支持的。
新任國民黨主席馬英九接受中國時報專訪時還表示，他觀察大陸未來也許會有很多改變，包括對六四天安門事件、法輪功的態度，中共已經有重新思考的跡象；像六四事件就也許可能在將來平反，「很可能就在胡錦濤任內！」
馬英九還發現最近大陸已出現開始有人挑戰權威、新聞管制，「和臺灣卅年前很像！」所以，馬英九稱他對大陸也不完全是批判，只是以過來人、過來政府的角度，可以提供大陸很多經驗分享。他舉例說，臺灣二二八、白色恐怖都可以平反，同樣道理，大陸對六四事件等，應該也可以平反。
對於中共批他「反共」，馬英九笑說：「我不介意，連他們（大陸）自己現在都不太相信共產主義了，他們沒有理由責備反共的人，他們現在大概也已經不是共產主義了！」
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