進化論的假說由達爾文在19世紀提出，達爾文自己也覺得它有許多疑點。科學家也發現達爾文的很多認識其實漏洞百出，但出於多種原因，進化論這一觀點迄今仍在科學界普遍倡導。
許多科學家質疑進化論，從進化論講的共同祖先到自然選擇。比如，像眼睛這樣複雜的結構，有一點發育不完全就會失效，怎麼可能是從由簡單到複雜一點點進化的呢？
美國西雅圖的Discovery Institute則認為達爾文的進化論統治科學界早就應該打破了。
宗教界一直對進化論持質疑態度。繼聖經中記載的「諾亞方舟」證據被發現後，路透社於2005年1月28日報導義大利都靈耶穌裹屍布的真實性進一步被科學家們所證實。
近年來越來越多的生物學及考古學的新發現與進化論不符。
(一) 科學家們由鳥類大腦質疑進化論
據近日媒體報導，29名神經科學專家認為鳥類大腦的發達程度與哺乳動物類似，從而提出許多現有關於鳥類與哺乳動物的理論已經過時。這些科學家將此發現發表在2005年2月號的《神經科學綜述》(Nature Reviews Neuroscience) 上。
該研究由美國國家衛生院(NIH)和美國國家自然科學基金(NSF)贊助。報導中說，科學家們發現鴿子能區分不同種類的油畫作品；烏鴉能製作有用的工具，還能將此技能傳授給其它的鳥；而鸚鵡不僅能夠學習人類的詞彙，而且還能把它用來與人溝通。
這些科學家們在論文中寫道，人們原來以為鳥類大腦比哺乳動物大腦原始。這種認識已有100年的歷史。「這些不正確的、以進化論為基點的用於描述哺乳動物大腦的理論在整個20世紀廣泛使用。這嚴重影響了科學新發現的交流與發展。」
報導中說，目前的命名方法是由19世紀Ludwig Edinger提出的。該理論認為生物是由「低等」生物到「高等」生物進化的。因此，在對待鳥類大腦與哺乳動物大腦上，它存在著完全不同的稱呼。
該論文的第一作者是美國杜克大學的神經學家Erich Jarvis。他表示，這項研究否認了大腦是分階段進化的這一觀點。而鳥類大腦中一向被稱為「原始」的區域實際上具備著複雜的、和哺乳動物大腦類似的處理功能。
(二) 細胞結構的新發現與進化論相悖
2003年6月19日 BBC 發表了一篇文章題為「古老生物挑戰細胞進化論」─科學家首次在原核細胞體內發現了只有真核細胞才具備的細胞器。這一發現與進化論相悖。
美國伊利諾宜大學Roberto Docampo教授在細菌體內發現的這個自由移動的細胞器與他在單細胞真核生物體內發現的細胞器基本一致。該細胞器能調節細菌酸的含量。按照進化論的解釋：結構虻サ腦
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