从一九六三年九月到一九六八年八月，陈良宇在重庆的解放军后勤工程学院实足呆了五年。这五年当中，陈良宇一方面从十七岁的半大孩子，白面书生，长成了英武高大的年青军人，另一方面，陈良宇适应军队的大学生活之后，曾经表现积极，下决心要加入共产党，并一度成为"学雷锋积极分子"和共产党的考察对象。但是最终因为其父被怀疑是"美国特务"，投入牛棚，不仅没有入党，而且由此背上了家庭成分的包袱。由于身处毛泽东制造的动乱当中，五年大学生活，减去新兵训练和参加文化大革命，真正的学习时间，只有一半，大概三年不到的时间，因此虽然大学毕业，学到的知识也非常有限。
在重庆的解放军后勤工程学院的最后阶段，陈良宇十分消沉落寞，因此最终在毕业分配的时候，在"美国特务"家庭成分和落后学生的双重烙印下，被变相发配。后勤工程学院当时是共产党二十三个重要的军队学校之一，因此在后勤工程学院毕业，原来在军队里没有职务的学生，毕业后立即就是副连级干部；一年后转升正连级。原来在军队里有职务的，毕业之后起码晋升二级。连长升营长，副营长升副团长。所以毕业的时候，陈良宇的同学们纷纷弹冠相庆，互相祝贺，先休假探亲，再拍马上任。唯独可怜的陈良宇，一道命令下来，让他立即到川西的工程兵六七一六部队报到。不仅没有职务，而且待遇上和大头兵一样。
陈良宇再次遭受严酷的打击。他万万没有想到，自己要求进步，加入共产党不成，自甘落后，居然会换来了这样的下场。因此他情绪十分不稳定，也把所有的同学当成了仇敌。他拒绝参加任何告别的活动，也不和任何同学交换通讯地址，只是咬着牙齿，把自己的信件、书籍等都付之一炬。学校政治部门担心他会采取什么过激行动，专门派了两个人把陈良宇看管起来，直到他奉命坐上卡车，前去六七一六部队报到。
陈良宇的这一段经历，是他人生中最为惨痛的伤疤。所以他以后除了填写履历，几乎从不提及在重庆解放军后勤工程学院的生活。而且，他也几乎从来不和后勤工程学院的同学来往。其实和陈良宇同时毕业的同学，有几个也成为军中的风云人物，但是陈良宇即使发迹之后，也从来不和他们联系。一般来说，大学教育对人生的影响比较重要；大学时代的同学也容易成为终身好友。但是对于陈良宇来说，他的大学时代，是他黑暗痛苦记忆的所在，所以他从来也不愿触及。陈良宇发迹之后，他数次回到自己的中学母校，感谢师恩，也参加过中学同学的聚会，和老同学一起摄影留念；甚至不惜以中共中央政治局委员和上海市第一把手的身份，参加中学母校的五十年校庆活动，但是陈良宇自从奉命离开重庆市长江二路一百七十四号的后勤工程学院，就再也没有迈一步进去过。
从十七岁到二十二岁，在人生成长的最关键阶段，陈良宇经受了巨大的挫折和考验。从一个方面讲，这也锻炼了陈良宇的意志，使他脱胎换骨，在社会中更加现实，更加功利；另一方面，严酷的打击和挫折也影响了他的性格，使他学会了在共产党体系中为人处世的第一课。
【六七一六部队】
陈良宇从解放军后勤工程学院毕业，不仅被剥夺了回家探亲的权利，而且是以战士身份前去六七一六部队报到。陈良宇在极端郁闷当中，坐在卡车上晃荡了一天一夜，才进入川西的大山沟里。所谓六七一六部队，就是在山沟里进行基础设施建设的工程兵。这支部队，也被称为基建工程兵，前身是由陆军步兵转变而来，奉命进行有保密要求、最苦最危险的工程建设。
一九六四年，毛泽东头脑发热，要把沿海大城市的工业，大量搬迁到离海岸线七百公里以上的内地，为在中国进行全面战争做准备。因此动用了数十万军队，或称铁道兵，或称工程兵，在最偏僻的深山冷沟中开路搭桥。既要求这些工业的分布保密，又要求这些工厂都要有防空能力，因此大山沟里，整天炮声隆隆，由当兵的卖命，炸出巨大的山洞，作为所谓三线工厂的厂房。李岚清和王兆国都是当年在三线建设中出人头地，而迅速窜升的。
陈良宇所在的部队，就是在川西的一个深山大沟之中。由于过度郁闷，陈良宇到了部队之后就病倒了。所幸他所在的连队，正是整个基建工程兵中最为危险的爆破连，因为每天把脑袋栓在裤腰带上去点燃炸药，所以连队里的大头兵都很讲义气。这个不知道因为什么而被发配到连队当兵的大学生，马上引起了所有士兵的同情心。上自连长下到同铺的战士，人人都抢着照顾陈良宇，把个陈良宇当成了一盆娇嫩的花一样精心照顾。终于，陈良宇从病中恢复过来了。
陈良宇病好以后，就和连队的战士们一起开始工作。所谓的基建工程兵，几乎就是一些自觉自愿的奴隶，在所谓的毛泽东思想鼓舞下，每天要超强体力劳动十个多小时，还要互相之间攀比进度，夺取所谓的先进红旗。但是也因为是工程兵部队，又身处偏僻的深山，所以纪律相当松散，战士之间的气氛也比较活跃。
陈良宇所在的部队，整个团当中没有一个是上海人，当兵的大都是川贵各地的农民子弟，无辣不欢，性情豪爽，既吃得了苦，也十分野蛮。陈良宇当兵的爆破连，更是以不怕死为荣，每天开山放炮，经常发生事故。许多战士因为野蛮操作，或者不讲作业程序，而被炸得尸骨无存。粉身碎骨之后，封以烈士称号，一把火烧掉；在家乡的亲属却可以从此享受烈属待遇，每个月从民政局领到一笔小钱。陈良宇到连队之后，他毕竟是正规大学的毕业生，因此动了不少脑筋，减少爆破作业时候的伤亡。他从所学的知识中归纳出几句话，教给战友们，告诉他们如何安全作业，又想出不少土办法，减少近身排除哑炮的危险。这样一来，爆破连的伤亡大幅降低，连队的战士将他奉若神明一般，从来也不让他参加危险的点炮、排炮作业。
这样，尽管劳累，陈良宇在部队的时候，心情也慢慢地开朗起来了。很长一段时间，他几乎没有任何时间去思考。因为毛泽东急于看到所谓三线建设的成就，因此相当长的一段时间里，这些基建工程兵甚至连星期天也被剥夺了。一天劳累下来，头挨着枕头，就会呼呼大睡。第二天天刚朦朦亮，又要出工了。几个月当中，连洗衣服的时间都没有。陈良宇受到战士照顾，还可以在工作时间内抽空写信，其他时间，都是处在无休止的劳动中。
偶然有机会，陈良宇也在想，这奴隶一般被发配的日子，何时才能是个尽头啊。
【洗不掉的烙印】
再说陈更华因为"美国特务"的问题，被关押在常州金坛干校政训班隔离审查，白天下地干活，喂猪割草，晚上"深刻检查"，坦白交代"美国"特务的罪行。陈更华也和陈良宇一样，经受了人生头一次脱胎换骨的锻炼。烟斗也不能抽了，只能抽最劣质的纸烟，胖大的身躯，日见消瘦。每天晚上，陈更华都要在昏暗的灯光下写交代材料，留学美国的经历写了一遍又一遍，但是又不能据实而写，只能按照共产党的调子，把美国社会写得一团漆黑，惨无人道。
陈更华在私塾里饱读四书五经，笔下本来十分了得。但是写那些劳什子的交代材料，既不能实话实说，又要写得煞有介事，让专政人员觉得是诚心在坦白交代，着实难为坏了陈更华。这就好比是要写一部历史，但又不能秉笔而书，半是纪实，半是小说，折腾得陈更华夜不能寐，唉声叹气。好在中国古人早就创造了所谓春秋笔法，婉转曲折，既有事实，又有伪托，无非是要满足专政人员的要求，但求蒙混过关，不至于皮肉受苦。这样的交代材料，陈更华却也不知写了多少。
一九六九年，金坛干校的政训班忽然莫名其妙地结束了。陈更华莫名其妙地在牛棚中呆了两年之后，也忽然获得了自由。但是对于他到底是否是"美国特务"，既没有结论，却也不再审查，只是把他写的许多交代材料塞入档案中，把他打发回了上海。
陈更华回到上海后，倒是过了一段逍遥的日子。他以社会闲杂人员的身份，闲居家中。这个时候，他更加想念起了因为受他拖累，而被发配到山沟里的大儿子陈良宇。为此，他不停地给陈良宇写信，让他放弃在部队发展的思想，争取尽快退伍。另一方面，陈更华又整天地走访朋友和熟人，包括他以前修X光机时候熟悉的一些医院，他当买办时候认识的船舶建造方面的熟人，放下架子，曲意逢迎，要把陈良宇弄回上海。
陈良宇得知父亲从牛棚出来，欣喜之余，对自己的命运仍然比较悲观。因为陈更华虽然从牛棚放了出来，但是在案件上没有结论，陈更华所谓的政治面貌仍然是 "美国特务"嫌疑。这样，陈良宇的家庭成分，丝毫并没有因为陈更华隔离审查的结束而得到改变。在这种情况下，陈良宇无论如何努力，也无法在共产党的军队里取得信任。他被永远地打上了家庭成分的烙印，成为被排斥和不能信任的边缘人。
在这种情况下，陈良宇倍感失落，既没有任何前途，也没有任何未来，只是浑浑噩噩地在部队里充当工程兵奴隶，每天劳作十多个小时，然后在极度劳累中睡去。他的梦中，无数次出现上海的繁华街市，丰富的物产，但是醒来之后面对的却是一些满身汗臭的战士，以及无穷无尽的崇山峻岭。他现在已经放弃了一切理想与追求，只希望回到上海，过上普通人的普通日子。
【回到上海】
陈更华得知自己的所谓"美国特务"嫌疑，影响了大儿子陈良宇的前途，使得他被发配到深山冷沟中成为工程兵奴隶，心中非常难过，也不免大骂SHIT。他对共产党的怨恨，这个时候到达了极点。但是胳膊拧不过大腿，该忍还是得忍，该低头还是要低头。所幸他从江苏回来之后，再也没有人理睬他；共产党的街道组织也没有把他管制起来，因此他还是比很多人要幸运。不仅有自由之身，而且可以到处活动。
为了帮助儿子解脱困境，陈更华几乎跑细了双腿。功夫不负有心人，陈更华终于转辗通过关系，找到了一条门路。他原来在充当船级社买办的时候，经常给造船厂的大型设备设定安全等级，因此认识的一位小兄弟汪某，正好在闸北区的彭浦机器厂当负责人。因此他一再上门，先送礼物，再套近乎，短时间内把关系搞得非常融洽。汪某也是宁波人，和陈更华倒是相当投缘。正好当时彭浦机器厂因为文化大革命打倒走资派，因此一片混乱，既没有厂长，也没有党委，只有汪某是临时的负责人，大小事情都由他说了算。所以汪某答应帮助陈更华，如果陈良宇退伍，他可以接收陈良宇。
陈更华关节打通之后，也不耽误时间，一封电报"父病危，速回沪"，发往陈良宇所在的部队。三天以后，陈良宇满面忧伤，风尘仆仆地回到上海家中，却看见其父陈更华满面春风的笑脸。陈良宇错愕之余，马上体会到这是父亲的精心安排。父子两人因此在家中商量了许多天，谋划回到上海的办法。没有几天，陈良宇匆匆起程，随身带了许多高档礼品，特别是当时刚刚在上海面世的的确凉面料等，以及从上海铁路中心医院开具的慢性病证明，回到川西的部队。
陈良宇回到川西之后，没有立即回到连队，而是直接去了团部。在团部给团长政委送了许多希罕的上海产品，然后借口身体不好，要求退伍。陈良宇军校毕业，本身已经是军官序列，但是他事实上又是一个大头兵，没有任何职务。这在部队里是一种非常特殊的情况，最主要的原因，还是因为陈良宇的家庭成分问题。
陈良宇为了达到退伍回到上海的目的，主动要求以战士的身份退伍。因为按照部队的规定，军队干部退出部队，称为转业，由国家统一安排工作，通常按照部队的官衔安排相应的工作。中国公安、法院系统里面以前的许多文盲警察和法官，大多数是部队的军官退役下来的。而大头兵退伍，则由自己回原籍找工作，国家概不负责。所以如果陈良宇按照军校毕业的军官转业，就由国家统一分配，肯定是回不了上海，天知道会给分配到哪里去。但是如果按照战士待遇退伍，那就可以自己拿着封口的档案袋，回到原籍去找工作。
也许是大批上海产品，特别是西南地区难得一见的的确良布料起的作用，一九七零年七月，陈良宇获准从解放军六七一六部队，以士兵身份退伍。部队不仅没有难为陈良宇，而且还为陈良宇搞了一个热闹的欢送会。许多战友还在会上为陈良宇抱屈，认为白读了五年军校，结果还是以大头兵的身份退伍。殊不知陈良宇为了获得这个身份而窃笑不已。
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