另外一位长期参与民进党内中国政策，并深知国安会运作的人士分析：“别人从外面看，以为陈水扁对江丙坤和国民党很气，其实他更气的是，为什么都没有人事先告知他，共产党对待国民党的态度，会有这么大的改变。为什么直到江丙坤出发前，他读到的报告都还说：北京会藉‘反分裂法’立法的机会，持续对台湾保持强硬态度，甚至会有进一步恫吓表示。”
这位党内辈分甚高的人士透露：“陈水扁将这件事跟美国‘九一一’事件，相提并论，同样都是国安系统失败的例子，他气是气这个，他真正在意要整顿的，也是这个，这件事在陈水扁心目中的重要性，应该高过如何阻止连战访问中国。”
陈水扁的两岸政策幕僚，依制度本来就有三种不同建制。总统府里有国安会、行政体系中有陆委会，党部还有中国事务部。不过除此之外，陈水扁过去还维持了一些体制外的管道，例如透过李登辉的关系，取得和“台综院”的谘询管道，林佳龙也联系了一群年轻学者做研究、提意见；另外海基会副秘书长颜万进不时也会协助做些特定研究案、建议案，供陈水扁参考。
在陈水扁第一个任期内，两岸政策决策过程并没有什么明确章法。比较清楚的，大概只有当时陆委会主委蔡英文的角色，压倒其他人其他单位。蔡英文个人条件好，在立法院可以和各党各派委员们周旋，又受到李登辉充分信赖，是李后期“两国论”路线的主要设计师，使得陈水扁不可能轻忽她的意见。
而且蔡英文任内态度积极，只要牵涉两岸事务，她都不忌讳、不退缩表达明确态度与立场。相较之下，其他部会首长往往含糊其辞、优先寻求自我保护，也就乐于躲在蔡英文后面，让蔡英文去当整个行政体系的两岸政策代言人。
相对于陆委会的强势，那四年中，国安会却迟迟没有完全从国民党时代的角色、功能转型过来。国安会必须低调、噤声，没有公开舞台、更不能在媒体上表演，这种“秘密性”在国民党时代是权力的保障，到了民进党时代，却成了国安会被冷落的主要因素。习惯于大张旗鼓表演的陈水扁和民进党，很容易就忘掉了国安会这样一个沉默、低调单位的存在。
蔡英文主持的陆委会，不只抢眼、而且强硬。那四年中，对蔡英文的政策意见，唯一还能稍微制衡的，只有民进党前中国事务部主任陈忠信。如果蔡英文是“鹰派”的话，那么陈忠信就是“鸽派”最主要的大将了。陈忠信和中国大陆学界及地方政界，过去互动良好，对他们立场、态度，有较多的同情理解，因此做出的判断，通常要比蔡英文温和许多。陈忠信的意见，许多时候又能得到“新潮流”的支持，给了他坚实的政策影响力。
不过“鸽派”在民进党支持者眼中，到底不受欢迎，所以陈忠信也学会收敛过去的火爆脾气，变得格外谨慎、低调，在幕后默默发挥缓和两岸关系的作用。
陈水扁的第二任，情况有了大改变。他将党主席的职位交给了苏贞昌，当然中国事务部的分量就大打折扣了。蔡英文坚辞陆委会主委后，有一阵子还颇为活跃，私下参与两岸政策，不过当上立委之后，就慢慢疏离决策圈了。吴钊燮的专业能力比蔡英文差得太多，再加上前一阵子其二叔吴澧培为了“扁宋会”几乎要和陈水扁翻脸，更大为减损吴钊燮在团队中的发言力量。
相对地，邱义仁回锅当国安会秘书长，陈忠信又进入国安会担任谘询委员，这一对相识超过三十年的老友，迅速主导、并改造了国安会内部两岸政策意见形成的流程。邱义仁进入状况，调整出国安会与陈水扁之间的清楚关系，并建立起远比前四年稳定的定期简报机制，国安会的角色本来就越来越吃重。
虽然在江丙坤访中这件事上，国安会也并没有及时做出准确警告，不过据了解，陈忠信在内部会议，本来就对如何评估中国“反分裂法”效应，有不同意见。等到陈水扁发现周围“鹰派”们给他的讯息，全都误判了中国真正的企图，意外使得国民党找到了发挥空间，他对国安会、尤其是陈忠信的意见，不能不多加考虑了。
“鹰派”们的揣测陈水扁想听的讯息，制造出一片中国强硬对台的印象，冲过头了反而让中国出其不意透过国民党大量释放善意，这样的演变发展，会不会进一步让倾向“鸽派”的国安会悄悄获得更大的政策影响空间，将是当前政治观察的一大重点。
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